R&D 부정수급 환수·참여제한 90일 대응 전략 | 하정림 행정전문변호사

Editor's Letter

R&D 과제 정산이 끝난 뒤, 몇 년이 지나 갑자기 도착한 처분 사전통지서 한 장은 기업의 존폐를 흔듭니다.

이미 집행한 연구개발비를 되돌려 놓으라는 환수, 그 몇 배에 달하는 제재부가금, 그리고 향후 국가 R&D 시장에서 사실상 퇴출을 의미하는 참여제한처분까지. 세 가지 처분은 서로 병과되며, 대응 시점을 놓치면 후속 과제 수주까지 연쇄적으로 무너집니다.

국가연구개발혁신법상 제재 절차는 짧고 촘촘합니다.
처분 통지 직후의 초기 대응이 결과를 좌우합니다.

The Brief (즉답 요약)

R&D 부정수급 의혹이 제기되면 소명 단계부터 방향이 잡혀야 합니다.

「국가연구개발혁신법」은 부정행위에 대해 ① 제32조 제1항의 참여제한(10년 이내)과 제재부가금(정부 지원 연구개발비의 5배 범위) ② 제32조 제2항에 따른 두 처분의 병과 ③ 제33조에 따른 환수를 각각 규정하고 있습니다.

세 처분은 근거 조항과 성격이 다르므로 각각의 요건과 재량 판단 지점을 나누어 다투어야 합니다. 처분서 수령 후 「행정소송법」 제20조 제1항의 90일 제소기간이 흐르고, 후속 과제 수주 손해를 막으려면 집행정지 신청을 병행해야 합니다.

한눈에 정리

• 참여제한·제재부가금 근거: 「국가연구개발혁신법」 제32조

• 연구개발비 환수 근거: 「국가연구개발혁신법」 제33조

• 참여제한 상한: 사안의 경중을 고려하여 10년 이내

• 제재부가금 상한: 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배 범위

• 취소소송 제소기간: 「행정소송법」 제20조에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내 + 처분이 있은 날부터 1년 이내(주관·객관적 기간 모두 준수)

• 필수 병행 조치: 후속 과제 손해 방지를 위한 집행정지 신청(「행정소송법」 제23조 제2항)

• 선택 가능 절차: 사안에 따라 행정심판 청구를 통한 구제도 검토 가능

• 형사 리스크: 사기·업무상 배임·「보조금 관리에 관한 법률」 위반 병행 가능성

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목차

1. 국가연구개발혁신법 부정수급 유형

2. 환수·제재부가금·참여제한 3중 구조 (제32조·제33조)

3. 참여제한의 실질적 영향

4. 집행정지 – 후속 과제 손해 소명 전략

5. 형사(사기·업무상 배임) 병행 대응

6. 왜 행정법 전문분야 등록 변호사인가

7. 법무법인 태림 주요 성공사례

8. FAQ

9. 상담 안내

I. 국가연구개발혁신법 부정수급 유형

R&D 부정수급은 단일 개념이 아니라, 「국가연구개발혁신법」 제32조 제1항이 열거하는 여러 부정행위를 포괄하는 개념입니다.
실무에서 문제 되는 대표적 유형은 다음과 같습니다.

1) 연구개발비의 용도 외 사용
가장 흔히 문제 되는 유형입니다. 인건비를 실제 참여율과 다르게 계상하거나, 연구재료비·연구활동비를 목적 외 항목으로 지출한 경우가 여기에 해당합니다.
정산 단계에서 회계 감사로 적발되는 경우가 많습니다.

2) 학생인건비·참여연구원 인건비 공동관리
학생 계좌로 지급된 인건비를 연구책임자가 통합 관리하거나, 실제 연구에 참여하지 않은 인력을 등재하는 경우입니다. 실무상 “인건비 풀링”으로 불리며, 관행이었다는 항변이 잘 받아들여지지 않는 유형입니다.

3) 허위·중복 증빙
동일 세금계산서를 여러 과제에 중복 계상하거나, 실제 거래 없이 세금계산서만 발행하는 경우입니다. 형사(사기) 병행 위험이 가장 높습니다.

4) 연구개발 결과의 허위 보고·표절
결과 보고서에 허위 데이터를 기재하거나 타인의 연구 결과를 도용한 경우입니다.

5) 정당한 사유 없는 연구개발 수행 포기
협약을 체결한 후 정당한 사유 없이 연구를 수행하지 않아 목적 달성이 어려워진 경우입니다.

같은 “부정수급”이라 하더라도 어느 유형에 해당하느냐에 따라 대응 방향이 달라집니다. 특히 용도 외 사용은 “고의성”과 “연구 목적 관련성”이 핵심 쟁점인 반면, 인건비 공동관리는 “관행 여부”와 “실제 연구 참여 사실”이 초점이 됩니다.

II. 환수·제재부가금·참여제한 3중 구조 (제32조·제33조)

「국가연구개발혁신법」은 부정행위에 대해 세 가지 성격이 전혀 다른 처분을 병과할 수 있도록 규정하고 있습니다. 근거 조항이 각각 나뉘어 있으므로 이를 정확히 구분해서 이해해야 합니다.

1) 참여제한 – 시장에서의 사실상 퇴출 (제32조 제1항)

참여제한은 향후 일정 기간 동안 국가연구개발활동 참여를 제한하는 처분입니다.
연구개발기관, 연구책임자, 참여연구자, 연구지원인력 등을 대상으로, 사안의 경중을 고려하여 10년 이내 범위에서 부과됩니다.

2) 제재부가금 – 제재적 성격의 금전 처분 (제32조 제1항)

「국가연구개발혁신법」 제32조 제1항은 “이미 지급한 정부 연구개발비의 5배의 범위에서” 제재부가금을 부과할 수 있도록 규정합니다. 벌금이 아니라 행정처분이지만, 부과 규모가 크고 재량권 일탈·남용 여지가 있어 다툼의 실익이 큰 처분입니다.
부가금 산정의 기준액, 배수 적용의 적정성, 비례원칙 위반 여부가 주요 쟁점입니다.

3) 두 처분의 병과 (제32조 제2항)

같은 법 제32조 제2항은 참여제한과 제재부가금 처분을 병과할 수 있음을 명시하고 있습니다.

4) 연구개발비 환수 – 이미 집행한 돈을 되돌리는 조치 (제33조)

환수는 「국가연구개발혁신법」 제33조에 별도의 근거를 두고 있으며, 제32조에 따른 제재처분과는 “별도로” 이루어집니다. 지급된 정부 연구개발비 중 제재사유와 관련된 연구개발비를 국고로 되돌리는 처분으로, 원상회복적 성격이 강하며 재량의 폭이 상대적으로 좁습니다. 다만 “환수 대상 금액의 범위”와 “해당 금액이 실제 연구와 관련 없는지”에 대한 사실인정 다툼의 여지가 큽니다.

국고보조금 성격이 결합된 사업에서는 「보조금 관리에 관한 법률」의 환수·반환 관련 규정(제31조, 제33조 등)과 제재부가금(제33조의2)이 함께 문제 될 수 있습니다.

3중 구조의 실무적 의미

정리하면, 부당이득의 반환(제33조 환수), 제재적 성격의 금전 부담(제32조 제재부가금), 향후 시장 참여 금지(제32조 참여제한)가 세트로 묶여 있다고 이해하면 됩니다.
그래서 다툴 때에도 세 처분을 하나로 뭉뚱그리지 말고, 각 처분의 근거 조항·요건·재량 판단 지점을 분리해서 접근해야 합니다.

III. 참여제한의 실질적 영향

참여제한 기간이 서면상 몇 년으로 표기되더라도, 실제 기업에 미치는 파장은 훨씬 큽니다.

1) 후속 과제 수주 원천 차단
참여제한 기간 동안에는 신규 국가 R&D 과제 신청 자체가 봉쇄됩니다.
매출의 상당 부분을 국책 과제로 유지해 온 중소·벤처 기업의 경우, 참여제한은 사실상 장기간의 “매출 절벽”을 의미합니다.

2) 진행 중 과제의 협약 해약(해지) 위험
이미 협약이 체결된 과제도 참여제한의 여파로 협약이 해약(해지)되거나 연구책임자 변경이 강제될 수 있습니다. 이 경우 진행 중이던 연구비 지급이 중단됩니다.

3) 연구책임자 개인의 경력 단절
연구책임자 개인에 대한 참여제한은 소속 기관을 옮기더라도 그대로 따라갑니다.
교수·연구원 개인의 경력에 장기간의 공백을 남깁니다.

4) 정부 조달·인증 사업으로의 파급
국가연구개발활동 참여제한은 정부 조달, 벤처·이노비즈 등 다른 정부 지원 프로그램의 심사에도 부정적 영향을 미칠 수 있습니다.

5) 제재정보의 통합관리
「국가연구개발혁신법」에 따라 제재 정보는 통합정보시스템으로 관리되어 다른 부처에서도 확인할 수 있습니다. 한 부처의 처분이 정부 전체 R&D 시장으로 확산되는 구조입니다.

그래서 참여제한은 “기간의 문제”가 아니라 “기업 존폐의 문제”로 접근해야 합니다.

기간 산정이 재량 판단상 적정한지, 비례원칙과 평등원칙에 부합하는지를 정면으로 다투는 것이 실질적 방어의 출발점입니다.

IV. 집행정지 – 후속 과제 손해 소명 전략

취소소송을 제기하는 것만으로는 처분의 효력이 정지되지 않습니다.
참여제한처분은 소송 진행 중에도 그대로 효력을 유지하기 때문에, 집행정지 신청을 병행하지 않으면 판결 이전에 회복하기 어려운 손해가 발생합니다.

1) 집행정지의 요건

「행정소송법」 제23조 제2항은 “처분등이나 그 집행 또는 절차의 속행으로 인하여 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있다고 인정할 때” 집행정지를 결정할 수 있도록 규정하고, 같은 조 제3항은 “공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있을 때”에는 허용되지 않는다고 정하고 있습니다.

R&D 사건에서는 특히 “회복하기 어려운 손해”의 소명이 승패를 가릅니다.

2) 회복 곤란한 손해의 구체적 소명 포인트

• 진행 중 과제의 협약 해약(해지) 위험: 협약 해지 시 이미 지출한 비용의 회수 가능성 검토

• 신청 예정 후속 과제 목록과 예상 매출: 과제 공고, 신청 준비 기록, 매출 비중 자료

• 핵심 연구인력의 이탈 가능성: 참여제한으로 인한 조직 붕괴 위험

• 매출 구조 중 국책과제 비중: 회계자료, 매출 구성표

• 거래처·투자자 신뢰 훼손: 참여제한 사실이 미치는 대외 신용 영향

단순히 “피해가 크다”는 서술이 아니라, 수치와 문서로 뒷받침되는 구체적 소명이 필요합니다. 집행정지는 결정이 빠르게 나오는 대신 소명자료의 밀도가 결과를 좌우합니다.

3) 집행정지 신청의 타이밍

취소소송 제기와 동시에, 늦어도 처분 효력 발생 전에 신청하는 것이 원칙입니다.
처분서 수령 즉시 자료를 정리하고, 본안 청구와 집행정지 신청을 한 세트로 준비해야 합니다.

4) 행정심판이라는 또 다른 선택지

사안에 따라서는 취소소송 대신, 또는 이와 병행하여 행정심판 청구를 통한 구제 가능성을 함께 검토할 수 있습니다. 행정심판은 소송보다 신속하고 비용 부담이 적으며, 「행정심판법」 제30조에 따른 집행정지도 가능합니다.

어떤 경로가 유리한지는 처분청의 성격, 사실관계 다툼의 정도, 시급성 등을 종합해 판단해야 합니다.

V. 형사(사기·업무상 배임) 병행 대응

R&D 부정수급 사건이 행정처분에만 그치는 경우는 드뭅니다.
상당수 사건에서 다음과 같은 형사 절차가 병행됩니다.

• 사기죄 (형법 제347조): 허위 증빙으로 연구비를 편취한 것으로 평가되는 경우

• 업무상 배임죄 (형법 제356조, 업무상의 횡령과 배임 중 업무상 배임): 연구책임자가 소속 기관의 업무를 처리함에 있어 재산상 손해를 입힌 것으로 평가되는 경우

• 「보조금 관리에 관한 법률」 위반: 국고보조금 성격의 지원금인 경우

행정·형사 병행 시 유의점

행정 절차의 소명서와 형사 절차의 진술은 서로 증거로 활용될 수 있습니다.
어느 한쪽에서 방어에만 급급해 사실관계를 정확히 정리하지 않으면, 반대쪽 절차에서 불리한 자료로 되돌아옵니다.

따라서 행정과 형사를 하나의 사건으로 보고, 일관된 사실관계와 법리 구성을 처음부터 설계해야 합니다. 특히 형사 무혐의·불기소·무죄가 확정되면 행정처분의 근거가 근본적으로 흔들리므로, 두 절차의 순서와 자료 관리가 전략의 핵심이 됩니다.

실제로 법무법인 태림이 진행한 국가보조사업 참여제한처분 사건에서도, 참여기업 대표의 형사 사건에서 공모 사실이 인정되지 않아 공급기업인 의뢰인이 기소조차 되지 않았다는 점이 행정소송에서 주요 방어 논거로 활용된 바 있습니다.
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VI. 왜 행정법 전문분야 등록 변호사인가

행정처분 대응은 민형사 분쟁과는 구조가 다릅니다.
등록 변호사가 3만8천 명대를 넘어 4만 변호사 시대 문턱에 선 지금도, 행정법 전문분야 등록은 약 230명 내외, 전체의 약 0.6% 수준으로 평가됩니다(대한변호사협회 등록 공고 및 공개자료 기준 추산, 2026년 기준).

이유는 세 가지입니다.

• 방대한 법령 체계: 국가연구개발혁신법, 보조금 관리에 관한 법률, 행정기본법·행정절차법·행정심판법·행정소송법, 개별 부처 고시까지 검토 범위가 넓습니다.

• 엄격한 절차 시한: 「행정소송법」 제20조에 따른 90일 취소소송 제소기간, 집행정지의 “긴급성” 요건 등 시한 자체가 사건의 승패를 좌우합니다.

• 높은 입증 부담: 국가·공공기관을 상대로 처분사유의 위법성, 재량권 일탈·남용, 절차상 하자, 비례원칙 위반을 구조적으로 입증해야 합니다.

하정림 대표변호사는 이러한 행정법 영역을 중심 업무로 삼고 있는 법무법인 태림 노동·행정그룹의 대표변호사입니다.

국가보조사업·국가연구개발사업 관련 참여제한처분 사건, 수당 환수 집행정지 사건 등에서 다수의 대응 경험을 축적해 왔습니다. 하정림 대표변호사 프로필 자세히 보기

VII. 법무법인 태림 주요 성공사례

R&D 부정수급·참여제한·환수 처분 대응과 직접 관련성이 확인된, 하정림 대표변호사가 직접 관여한 실제 사례만 정리했습니다.

특히 국가보조사업 참여제한처분 사건은, 통상적으로 취소소송으로 진행되던 실무와 달리 개별 협약서의 성격을 분석하여 “당사자소송”으로 접근한 점이 두드러진 특징입니다.

R&D·국가보조사업 관련 참여제한처분 대응은 이처럼 “어떤 소송 형태로 갈 것인가”라는 첫 판단부터 결과가 갈립니다.

또한 수당 환수 관련 두 건의 집행정지 인용 사례는, 환수처분에 대한 집행정지 신청 시 “회복하기 어려운 손해”를 어떻게 문서와 수치로 뒷받침해야 하는지를 보여주는 실무 사례입니다.

R&D 환수·제재부가금 처분에 대한 집행정지 신청에서도 같은 구조의 소명이 요구됩니다.

VIII. FAQ

Q1. R&D 부정수급 사전통지서를 받았습니다. 의견제출 단계에서 무엇을 준비해야 하나요?

사전통지 단계는 처분 확정 전 유일한 서면 방어 기회입니다. 지적 항목별로 회계 증빙, 연구노트, 참여율 산정 근거, 이메일·업무일지 등을 정리하고, 유형별로 “고의성이 없다”, “실제 연구와 관련된 사용이다”, “관행에 따른 것이다” 등의 방향을 나누어 반박 서면을 준비해야 합니다.

Q2. 참여제한처분에도 집행정지가 인정되나요?

가능성이 있습니다. 다만 「행정소송법」 제23조 제2항의 “회복하기 어려운 손해”의 소명이 관건입니다. 진행 중 과제의 협약 해지 위험, 신청 예정 후속 과제 목록, 국책과제 매출 비중, 핵심 인력 이탈 위험을 수치와 문서로 구체적으로 입증해야 인용 가능성이 높아집니다. 결과는 개별 사안에 따라 달라집니다.

Q3. 환수·제재부가금·참여제한을 하나의 소송으로 다툴 수 있나요?

세 처분이 같은 처분청에서 동시에 이루어졌다면 병합하여 다투는 것이 일반적입니다.
다만 참여제한·제재부가금은 「국가연구개발혁신법」 제32조, 환수는 제33조로 근거 조항과 성격이 다르므로, 청구원인은 처분별로 분리하여 구성해야 합니다.

Q4. 형사 사건이 무혐의로 종결되면 행정처분도 자동으로 취소되나요?

자동으로 취소되지는 않습니다. 다만 형사 무혐의·불기소는 행정처분의 사실인정 기반을 흔드는 유력한 자료가 됩니다. 행정소송이 진행 중이라면 이를 근거로 처분사유의 부존재나 재량권 일탈·남용을 주장할 수 있습니다.

Q5. 처분 통지를 받은 지 이미 60일이 지났습니다. 아직 늦지 않았나요?

「행정소송법」 제20조 제1항에 따라 취소소송은 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기해야 하며, 같은 조 제2항에 따라 처분이 있은 날부터 1년(정당한 사유가 있는 경우 제외)이라는 객관적 제척기간도 있습니다. 두 기간을 모두 준수해야 합니다.

남은 시간이 짧을수록 집행정지 병행이 더욱 중요해집니다.
사안에 따라 행정심판 청구 경로도 함께 검토할 수 있으므로, 지금이라도 처분서와 관련 자료를 정리해 즉시 상담을 받으시기 바랍니다.

IX. 상담 안내

R&D 부정수급 사건은 시간과의 싸움입니다.
사전통지 단계라면 의견제출로, 처분이 이미 내려졌다면 90일 내 취소소송·행정심판·집행정지로, 형사 절차가 병행되고 있다면 두 절차의 일관된 사실관계 구성으로 대응 방향이 달라집니다.

처분 통지서를 받았다면 미루지 말고 상담부터 받아보시기 바랍니다.

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본 내용은 법무법인 태림의 업무를 소개하는 광고이며, 개별 사건의 결과는 사실관계 및 법적 판단에 따라 달라질 수 있습니다.