인허가 거부처분 취소소송 요건·제소기간 90일 | 행정전문변호사 하정림

Editor's Letter

인허가 신청이 반려되거나 거부되는 순간, 사업 전체의 시간표가 멈춥니다.
공장 가동, 건축 착공, 영업 개시, 투자 유치 일정이 전부 거부처분 통지서 한 장 앞에서 멈춰 섭니다. 그런데 정작 많은 신청인은 "다시 서류를 보완해서 재신청하면 되지 않을까"를 먼저 떠올립니다.

문제는 그 사이에도 제소기간 90일은 계속 흐르고 있다는 점입니다. 거부처분은 방치하면 저절로 해결되는 처분이 아니라, 시간이 지날수록 되돌리기 어려워지는 처분입니다.
재신청과 취소소송, 집행정지와 의무이행심판은 각각 쓰임새가 다릅니다.
어느 카드부터 꺼내야 하는지, 초기 대응이 결과를 좌우합니다.

The Brief

인허가 거부처분은 항고소송의 대상이 되는 행정처분입니다. 처분이 있음을 안 날부터 90일, 처분이 있은 날부터 1년 이내에 관할 행정법원에 취소소송을 제기할 수 있습니다(「행정소송법」 제20조). 재량권 일탈·남용, 처분사유의 부존재, 이유제시의 부실·누락(「행정절차법」 제23조), 비례·평등원칙 위반 등이 주요 공격 포인트입니다. 거부처분은 그 성격상 집행정지의 실익이 제한적일 수 있으므로, 의무이행심판이나 본안 조기 진행 전략을 함께 설계해야 합니다. 처분 통지서를 받았다면 미루지 말고 상담부터 받아보시기 바랍니다. 상담전화 1522-7005.

한눈에 정리

• 인허가 거부·반려는 "불이익이 없는 거절"이 아니라, 취소소송 대상 처분입니다.

• 제소기간은 처분을 안 날부터 90일, 처분이 있은 날부터 1년 (「행정소송법」 제20조). 이 중 90일은 불변기간(동법 제20조 제3항).

• 거부처분은 집행정지 실익이 제한적일 수 있으므로, 의무이행심판·본안 신속 진행을 병행 검토합니다.

• 공격 포인트: 처분사유 부존재, 재량권 일탈·남용, 이유제시 하자(제23조), 관계기관 협의·심의 절차 하자, 비례·평등원칙 위반.

• 승소하더라도 바로 허가가 나오는 것이 아니라, 행정청이 판결의 취지에 따라 다시 처분해야 합니다(「행정소송법」 제30조 제2항 재처분의무).

• 재신청 전에 소송 가능성을 먼저 검토해야 "불리한 처분사유"가 재신청에 그대로 반복되는 상황을 막을 수 있습니다.

목차

I. 인허가 거부처분의 법적 성격
II. 취소소송 요건과 제소기간
III. 재량권 일탈·남용 및 절차 하자 공격 포인트
IV. 집행정지·의무이행심판 병행 전략
V. 하정림 대표변호사 프로필과 공공·규제 경험
VI. 상담 전 준비자료 체크리스트
VII. 주요 성공사례
VIII. 법무법인 태림 상담 안내

I. 인허가 거부처분의 법적 성격

건축허가, 영업허가, 개발행위허가, 산업단지 입주승인, 신재생에너지 발전사업허가, 요양기관·의료기관 개설 신고 수리, 각종 등록·면허 신청에 대한 거부 또는 반려는 행정청이 신청인의 권리·법률상 이익에 직접 영향을 주는 행정처분입니다. 즉, 단순한 "안내"나 "민원 회신"이 아니라 항고소송(취소소송·무효확인소송)의 대상입니다.

쉽게 말하면, "서류가 미비해서 접수를 거절합니다"라는 반려 통지도, 실질이 신청에 대한 거절이라면 처분성이 인정됩니다. 그래서 "일단 재신청해 보자"라고 넘기면, 그 사이 90일이 흐르고 소송 기회가 사라질 수 있습니다. (제소기간은 반려 통지일부터 기산될 수 있다는 의미입니다.)

1. 거부처분과 반려의 구분

• 거부처분: 신청의 실체 요건을 심사하고 거절한 경우

• 반려: 형식 요건 미비를 이유로 접수를 거절한 경우

• 다만, 실무상 반려 사유가 실체 요건에 대한 판단을 포함하고 있다면 처분성이 인정되는 경우가 많습니다.

2. 거부처분의 주요 유형

• 건축허가·용도변경허가 거부

• 개발행위허가·산지전용허가 거부

• 식품·주류·유흥업 영업허가 거부

• 발전사업허가·신재생에너지 설비 설치허가 거부

• 각종 등록·신고 수리 거부

• 보조금 교부 결정 거부

II. 취소소송 요건과 제소기간

1. 제소기간 (「행정소송법」 제20조)

• 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내 (제1항)

• 처분이 있은 날부터 1년 이내 (제2항, 정당한 사유가 있는 경우 예외)

• 행정심판을 거친 경우: 재결서 정본을 송달받은 날부터 90일 이내

이 중 90일 기간은 불변기간입니다(「행정소송법」 제20조 제3항). 재신청 결과를 기다리거나, 담당 공무원과의 협의를 이유로 미루더라도 90일은 멈추지 않습니다. 1년 기간은 "정당한 사유"가 있는 경우에는 예외가 인정될 수 있으나, 실무상 "정당한 사유"는 매우 엄격하게 해석되므로 90일 기간을 기준으로 대응 일정을 설계해야 안전합니다.

2. 원고적격과 피고적격

• 원고: 거부처분으로 인해 법률상 이익이 침해된 자(통상 신청인 본인)

• 피고: 처분을 한 행정청(시장·군수·구청장, 각 부처 장관, 공공기관 등)

3. 관할 법원

• 원칙: 피고의 소재지를 관할하는 행정법원

• 서울의 경우: 서울행정법원

4. 전치주의 여부

현행법상 행정심판은 원칙적으로 임의 절차이며, 심판을 거치지 않고 바로 소송을 제기할 수 있습니다(「행정소송법」 제18조 제1항). 다만 같은 조 단서에 따라 다른 법률에서 재결을 거치지 아니하면 취소소송을 제기할 수 없다고 규정한 경우(공무원 징계, 조세, 노동 등 일부 분야)에는 심판 전치가 요구됩니다. 인허가 거부처분은 원칙적으로 심판을 거치지 않고 바로 소송 제기가 가능합니다.

영업정지, 허가취소, 과징금, 공무원 징계, 학폭위 처분처럼 시간과 절차가 중요한 사건이라면 초기에 방향을 잡는 것이 중요합니다. 상담전화 1522-7005.

III. 재량권 일탈·남용 및 절차 하자 공격 포인트

1. 처분사유의 존부

행정청이 든 거부사유가 실제로 법령 요건에 해당하는지, 사실관계가 입증되는지를 먼저 다툽니다. 처분서에 적힌 사유 외의 사유를 소송에서 뒤늦게 추가하는 것은 원칙적으로 제한됩니다(처분사유 추가·변경의 제한 법리).

2. 재량권 일탈·남용

• 동일·유사한 사안에 대해 다른 신청인에게는 허가하면서 특정 신청인에게만 거부한 경우(평등원칙 위반)

• 거부로 달성하려는 공익보다 신청인이 입는 불이익이 지나치게 큰 경우(비례원칙 위반)

• 고려해야 할 사정을 전혀 고려하지 않거나, 고려해서는 안 될 사정을 고려한 경우

3. 절차상 하자 — 거부처분의 핵심 공격 포인트

이유제시의 부실·누락 (「행정절차법」 제23조): 처분서에 거부의 법적 근거와 구체적 사실관계를 적시하지 않은 경우. 판례상 신청에 대한 거부처분은 원칙적으로 당사자의 권익을 제한하거나 의무를 부과하는 처분(침익적 처분)에 해당하지 않아, 「행정절차법」 제21조 사전 통지나 제22조 의견제출 절차의 대상이 되지 않는다는 것이 확립된 법리입니다. 따라서 거부처분 사건에서 절차적 하자를 다툴 때는 사전 통지 누락이 아니라, 구체적 이유제시의 부실·누락이 핵심 공격 포인트가 됩니다.

관계기관 협의·심의 절차 하자: 법령상 필수적인 심의위원회 구성·의결 절차나 관계기관 사전 협의를 누락·위반한 경우. 예를 들어 개발행위허가의 도시계획위원회 심의, 발전사업허가의 전기위원회 심의 등이 이에 해당합니다.

4. 신뢰보호 원칙

행정청이 사전협의 과정에서 "요건을 충족한다"는 공적 견해를 표명했음에도 거부처분을 한 경우, 신뢰보호 원칙 위반을 주장할 수 있습니다.

IV. 집행정지·의무이행심판 병행 전략

1. 거부처분과 집행정지

취소소송과 함께 집행정지를 신청하더라도, 거부처분은 그 성격상 집행정지의 실익이 제한적일 수 있다는 것이 일반적인 실무 경향입니다. 거부처분의 효력을 정지시킨다고 해서 자동으로 허가가 발급되는 것이 아니기 때문입니다. 다만 거부처분이 다른 사실행위를 수반하거나, 제한명령과 결합되어 있는 사안에서는 집행정지가 실질적 의미를 가지는 경우도 있으므로 사안별 판단이 필요합니다.

2. 의무이행심판 활용

「행정심판법」상 의무이행심판은 행정청이 당사자의 신청에 대해 일정한 처분을 할 의무가 있음에도 하지 않거나 거부한 경우, 그 처분을 할 것을 명하는 재결을 구하는 제도입니다. 거부처분 취소소송과 병행할 경우, 행정심판위원회의 재처분의무 이행명령 및 직접처분·간접강제(「행정심판법」 제49조, 제50조) 제도를 통해 한층 빠른 구제를 도모할 수 있습니다. 특히 재결 이후 행정청이 재처분 의무를 이행하지 않을 때, 심판위원회가 직접 처분을 하거나 간접강제 결정을 할 수 있다는 점에서, 소송만으로는 얻기 어려운 압박 수단을 확보할 수 있습니다.

3. 본안 신속 진행 전략

• 처분서·신청서·관계 법령·협의 공문 등을 조기에 체계적으로 제출

• 감정신청·사실조회를 활용해 쟁점을 좁힘

• 사업 지연으로 인한 손실 규모를 정량적으로 입증해 재량권 일탈·남용 주장 보강

4. 재신청과 취소소송의 선택

• 재신청만 반복하는 경우: 거부사유가 그대로 반복되고, 최초 거부처분에 대한 취소소송의 기회를 놓칠 위험이 있습니다. 반복거부처분에 처분성이 인정되는 경우도 있으나, 사안별로 다르므로 최초 처분 90일 내 소송 가능성 판단이 선행되어야 합니다.

• 취소소송 선행: 거부처분을 취소하는 확정판결이 나오면, 행정청은 판결의 취지에 따라 다시 처분해야 하는 재처분의무를 부담합니다(「행정소송법」 제30조 제2항). 행정청이 재처분을 하지 않거나 판결 취지에 반하는 처분을 한 경우, 간접강제 결정(동법 제34조)을 통해 이행을 강제할 수 있습니다.

• 실무적으로는 취소소송 또는 의무이행심판을 걸어둔 상태에서 보완 재신청을 병행하는 전략이 자주 사용됩니다.

V. 하정림 대표변호사 프로필과 공공·규제 경험

프로필 자세히 보기

1. 기본 프로필

• 법무법인 태림 대표변호사 (2019~현재)

• 대한변호사협회 등록 행정법 전문분야 등록 변호사

• 대한변호사협회 등록 상속 전문분야 등록 변호사

• 서울대학교 법학과 차석졸업

• 2012 제54회 사법시험 합격 / 2015 제44기 사법연수원 수료

• 2015~2018 김앤장법률사무소 변호사

2. 공공·규제 영역 자문 및 위원 활동

• 2020~2022 금융위원회 금융산업경쟁도평가위원

• 2021 한국에너지공단 신재생에너지센터 운영위원회

• 2023 규제자유특구위원회 위원

• 2023 한국풍력산업협회 자문위원

• 2024 대한민국 국회 기후위기 비상 자문위원회 위원

• 2023~현재 과천시의회 고문변호사

• 2023~현재 서천군 고문변호사

3. 인허가·규제 관련 주요 자문 경험

• 국내 태양광설비 설치 관련 인허가 관련 제반 분쟁 이슈 법률자문 및 검토

• 국내 풍력발전회사 발전기 운용조건 및 수익정산 관련 법률검토 및 자문

• 국내 가상발전소(VPP) 관련 제반 법률자문

• 산업통상자원부·한국전력 스마트미터링 실행방안 등 관련 법률자문

• 저탄소녹색성장기본법, 공유수면법, 습지보전법 등 관련 법률자문 제공

• 전력시장운영규칙 개정의 적절성에 대한 종합적 자문

• 금융위 상대 조사감리결과조치 통보처분등취소소송

4. 희소성 안내

행정 사건은 단순한 분쟁이 아니라, 행정절차와 제소기간, 처분사유의 위법성, 재량권 일탈·남용 여부까지 촘촘하게 따져야 하는 분야입니다. 그래서 전체 등록 변호사 규모와 비교해도 행정법 전문분야 등록은 대한변호사협회 전문분야 등록 공고상 소수에 해당하는 희소한 영역으로 평가됩니다.

등록 변호사 수가 3만8천 명대를 넘어 4만 변호사 시대 문턱에 들어선 지금도, 행정법 전문분야 등록 변호사는 전체 등록 변호사 규모 대비 매우 제한적인 비중에 머무르는 것으로 추산됩니다. 대한변호사협회 전문분야 등록 공고 참조.

VI. 상담 전 준비자료 체크리스트

• 거부처분 통지서 원본 (처분일자, 처분청, 처분사유 확인)

• 최초 신청서 사본 및 첨부서류 일체

• 신청 전후 행정청과 주고받은 공문·이메일·협의 기록

• 사업계획서, 투자계약서, 임대차계약서 등 사업 추진 근거자료

• 유사 사안에서 허가가 난 사례가 있다면 그 자료

• 사전 심의위원회·관계기관 협의 회의록·의견서

• 거부로 인해 발생한 손실 규모 자료(위약금, 지연이자, 매출 손실 등)

처분 통지서를 받았다면 미루지 말고 상담부터 받아보시기 바랍니다. 행정심판·의무이행심판·행정소송 중 무엇이 맞는지부터 확인해야 합니다.

VII. 주요 성공사례

행정 사건은 "국가·공공기관을 상대로 하는 분쟁"이기 때문에, 처분사유의 위법성과 절차 하자를 어떻게 설계해 공격하느냐가 결과를 좌우합니다. 아래는 법무법인 태림 노동·행정센터에 등재된 하정림 대표변호사 참여 사례 중 처분취소·집행정지·공공행정 영역과 직접 관련된 사례입니다.

공동 수행 사례의 경우, 하정림 대표변호사를 포함한 태림 변호인단이 함께 수행한 사건을 의미합니다.

FAQ

Q. 거부처분도 소송이 되나요?

A. 됩니다. 인허가 신청에 대한 거부·반려는 그 실질이 신청에 대한 거절이라면 처분성이 인정되어 항고소송(취소소송·무효확인소송)의 대상이 됩니다. "단순 안내" 또는 "민원 회신" 형식이더라도, 실체 요건을 심사한 결과라면 소송 대상이 될 수 있습니다.

Q. 제소기간은 며칠인가요?

A. 「행정소송법」 제20조에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일, 처분이 있은 날부터 1년 이내에 취소소송을 제기해야 합니다. 행정심판을 거친 경우에는 재결서 정본을 송달받은 날부터 90일 이내입니다. 이 중 90일 기간은 불변기간이므로, 재신청 결과를 기다리는 사이 기간이 도과하지 않도록 주의해야 합니다.

Q. 재신청과 소송 중 선택은 어떻게 하나요?

A. 거부사유가 단순 서류 보완으로 해결되는 사안이라면 재신청이 효율적일 수 있습니다. 그러나 거부사유가 실체적 판단(요건 불충족, 공익 저해 등)에 관한 것이라면, 재신청을 반복해도 같은 결과가 나올 가능성이 높습니다. 이 경우에는 취소소송 또는 의무이행심판을 걸어둔 상태에서 보완 재신청을 병행하는 전략이 자주 사용됩니다.

Q. 승소하면 바로 허가가 나오나요?

A. 취소소송에서 승소하면 거부처분이 취소됩니다. 다만 그로 인해 자동으로 허가가 발급되는 것은 아니고, 행정청이 판결의 취지에 따라 다시 처분해야 합니다(「행정소송법」 제30조 제2항 재처분의무). 행정청은 판결에서 위법하다고 판단된 사유로 다시 거부할 수 없습니다. 행정청이 재처분 의무를 이행하지 않을 때는 간접강제 결정(동법 제34조)을 통해 이행을 강제할 수 있습니다. 사안에 따라 의무이행심판을 병행하면 "일정한 처분을 할 것을 명하는 재결"을 받을 수 있어, 보다 적극적인 결과를 기대할 수 있습니다.

Q. 소송 기간은 얼마나 걸리나요?

A. 사안의 복잡성, 증거조사·감정 유무, 심급 진행 여부에 따라 다릅니다. 일반적으로 1심은 수개월에서 1년 내외로 진행되는 경우가 많으며, 항소·상고를 거치면 더 길어질 수 있습니다. 다만 사업 시간표가 중요한 사안이라면, 본안 신속 진행 전략과 의무이행심판 병행을 통해 실질적인 사업 지연을 최소화하는 설계가 가능합니다.

Q. 행정전문변호사를 볼 때 무엇을 확인해야 하나요?

A. 단순 "행정 사건 경험"이 아니라, 대한변호사협회 등록 행정법 전문분야를 보유하고 있는지, 그리고 인허가·규제·공공기관 상대 자문 경험이 실제로 축적되어 있는지를 확인하시기 바랍니다. 행정법 전문분야 등록은 대한변호사협회 전문분야 등록 공고상 소수에 해당하는 희소한 영역입니다.

상담 안내

인허가 거부처분은 90일의 제소기간이 흐르는 동안 되돌리기 어려워지는 처분입니다. 재신청만 반복하다 소송 기회를 놓치지 않도록, 처분 통지서를 받으신 즉시 전문가의 검토를 받으시기 바랍니다.

• 상담전화: 1522-7005

• 이메일: help@tll.co.kr

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법무법인 태림은 누적 상담·수임 경험을 바탕으로, 하정림 대표변호사가 주요 사건의 방향 설계에 참여합니다.

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