의료기관 업무정지·과징금 처분 | 국민건강보험법 90일 대응

Editor's Letter

의료기관에 대한 업무정지 처분과 과징금 부과 처분은 병·의원, 한의원, 요양기관의 운영 자체를 흔드는 침익적 행정처분입니다. 특히 국민건강보험공단과 보건복지부의 현지조사(실사) 이후 통지되는 업무정지 처분은 최장 1년, 과징금은 부당하게 부담하게 한 금액(부당청구액)의 5배 이하까지 부과될 수 있어 재산상 부담이 매우 큽니다.

처분 통지서를 받은 순간부터 제소기간과 집행정지 신청까지 촘촘한 시간표가 시작됩니다. 초기 대응이 결과에 큰 영향을 미칩니다.

The Brief

의료기관 업무정지·과징금 처분은 「국민건강보험법」 제98조·제99조에 근거한 행정처분입니다. 처분 통지를 안 날부터 「행정소송법」 제20조에 따라 90일 이내에 행정소송을 제기할 수 있으며, 처분의 효력을 잠정 중단하려면 별도의 집행정지 신청이 필요합니다. 부당청구·착오청구의 판단 기준, 감액·감경 사유, 실사 단계 대응이 결과에 큰 영향을 미칩니다.

한눈에 정리

• 근거 법령: 「국민건강보험법」 제57조(부당이득의 징수), 제98조(업무정지), 제99조(과징금)

• 불복 절차: 이의신청(제87조)·심판청구(제88조)와 별개로 「행정심판법」·「행정소송법」에 따른 행정심판·행정소송 이용 가능

• 제소기간(행정소송법 제20조): 처분이 있음을 안 날부터 90일, 있은 날부터 1년

• 업무정지 최장 기간: 1년의 범위(제98조 제1항)

• 과징금 상한: 부당하게 부담하게 한 금액(부당청구액)의 5배 이하(제99조 제1항)

• 핵심 쟁점: 부당청구와 착오청구의 구분, 재량권 일탈·남용, 절차적 하자

• 필수 절차: 집행정지 신청 병행 검토

• 담당: 하정림 대표변호사 (하정림 변호사 프로필 보기)

처분 통지서를 받았다면 미루지 말고 상담부터 받아보시기 바랍니다.
상담전화 1522-7005 / 상담신청 바로가기

목차

1. 국민건강보험법상 업무정지·과징금 구조

2. 부당청구와 착오청구의 구분

3. 감액·감경 사유

4. 집행정지 필요성 판단

5. 실사(현지조사) 과정 대응 실무

6. 취소소송 승패 포인트

7. 행정법 전문분야 등록의 의미

8. 하정림 대표변호사 관련 성공사례

9. 상담 안내

I. 국민건강보험법상 업무정지·과징금 구조

보건복지부장관은 「국민건강보험법」 제98조 제1항에 따라 요양기관이 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 요양급여비용을 청구한 경우 등에 해당하면 1년의 범위에서 기간을 정하여 업무정지를 명할 수 있습니다. 업무정지 처분이 내려지면 해당 기간 동안 요양급여를 시행할 수 없고, 이는 사실상 진료행위의 급여청구 전면 중단으로 이어집니다.

같은 법 제99조 제1항은 업무정지 처분에 갈음하여 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 부담하게 한 금액(부당청구액)의 5배 이하 범위에서 과징금을 부과·징수할 수 있도록 규정합니다. 즉 과징금 산정 기준은 요양기관이 청구한 요양급여비용 총액이 아니라, 그중에서 부당하게 부담하게 한 금액에 한정된다는 점이 실무상 매우 중요합니다.

구체적인 업무정지 기간·과징금 부과기준은 「국민건강보험법 시행령」 제70조 및 별표 5(업무정지 처분 및 과징금 부과의 기준)에 규정되어 있습니다.

여기에 「국민건강보험법」 제57조 제1항에 따른 부당이득 징수 처분이 병행되기도 합니다. 부당청구 상당액을 환수하는 처분으로, 업무정지·과징금 처분과 별개로 독립적으로 다뤄야 합니다. 실무상 업무정지·과징금은 보건복지부장관 처분, 부당이득 환수는 국민건강보험공단 처분으로 처분청이 다르므로 대응 절차도 각각 설계해야 합니다.

유형별 개요

• 부당청구 관련 업무정지: 실제 진료행위와 청구 내역 사이의 불일치가 문제되는 경우

• 허위청구 관련 업무정지: 실제로 시행하지 않은 진료행위를 청구한 것으로 판단된 경우

• 인력·시설 기준 위반: 상근 인력, 시설 기준 등 요양기관 지정 요건 위반이 문제된 경우

• 본인부담금 관련 위반: 본인부담금 면제·할인 등 유인·알선 행위가 문제된 경우

• 업무정지·과징금 병행: 업무정지와 과징금, 부당이득 징수가 함께 통지된 경우

II. 부당청구와 착오청구의 구분

의료기관 업무정지 사건에서 가장 자주 다투게 되는 지점은 부당청구(속임수·부당한 방법)와 착오청구(단순 실수·해석상 오류)의 경계입니다.

• 부당청구: 실제와 다른 진료 내용을 청구하거나, 요양급여기준을 벗어난 청구를 반복적으로 한 경우

• 착오청구: 청구코드 착오, 산정기준 오해, 급여기준 해석 차이 등으로 인해 발생한 청구 오류

두 경우 모두 요양급여비용을 회수하는 부당이득 징수 대상이 될 수 있지만, 업무정지·과징금 처분의 근거가 되는 "속임수나 그 밖의 부당한 방법"에 해당하는지는 별도로 판단됩니다.

대법원은 "속임수와 그 밖의 부당한 방법"의 의미가 다투어진 사건에서 그 규범적 의미를 구체적으로 판시한 바 있고(대법원 2020. 6. 25. 선고 중요판결 등 참조), 부당이득 징수처분이 재량행위임을 확인한 판시도 확인됩니다(대법원 2021. 1. 14. 선고 2020두38171 판결 등). 판례 실무상 부당청구 판단 시에는 요양기관의 고의·과실, 위반의 반복성, 청구액 규모, 위반 경위 등이 종합적으로 고려됩니다.

즉, 요양기관이 급여기준을 잘못 해석했거나 청구 프로그램상 오류로 인해 발생한 청구는 부당이득 징수 대상은 될 수 있어도, 업무정지·과징금 처분의 사유로 삼기 어려운 경우가 있다는 뜻입니다.

III. 감액·감경 사유

과징금은 「국민건강보험법 시행령」 별표 5에 규정된 과징금 부과기준에 따라 산정되지만, 실무상 다음과 같은 사정이 감액·감경 사유로 검토됩니다.

• 위반행위의 동기, 목적, 방법

• 부당청구 금액의 규모와 전체 청구액 대비 비율

• 위반 기간, 반복성, 조직적 관여 여부

• 요양기관 개설자의 고의·과실 정도

• 종전 행정처분 이력

• 자진 신고, 자율 시정, 반환 여부

• 국민건강보험 재정에 실질적으로 미친 영향

• 재량권 일탈·남용 여부

특히 비례원칙 위반은 취소소송에서 자주 다뤄지는 쟁점입니다. 위반 정도에 비해 업무정지 기간이나 과징금 액수가 과도한 경우, 처분 자체는 유지되더라도 감액 판결로 이어지는 경우가 있습니다. 행정처분 사건에서는 처분사유·재량행사·절차 준수 여부 등 세부 쟁점 하나하나가 결과에 영향을 미칩니다.

IV. 집행정지 필요성 판단

의료기관에 대한 업무정지 처분은 처분 효력이 발생하면 즉시 진료행위의 급여청구가 중단됩니다. 이는 곧 매출 중단, 인건비·임대료 부담, 환자 이탈, 사실상 폐업 위험으로 이어질 수 있습니다.

이러한 이유로 취소소송·심판 청구와 함께 집행정지 신청을 병행하는 것이 원칙적으로 검토됩니다. 「행정소송법」 제23조에 따른 집행정지가 인용되기 위해서는 다음 요건이 필요합니다.

• 회복하기 어려운 손해 발생 우려

• 손해 예방을 위한 긴급한 필요

• 공공복리에 중대한 영향을 미치지 않을 것

• 본안청구가 이유 없음이 명백하지 않을 것

의료기관 업무정지의 경우 매출 중단으로 인한 손해가 처분 기간 종료 후에도 회복되기 어렵다는 점, 환자 진료 공백이 지역 의료체계에 미치는 영향 등이 긴급성·필요성 요건 판단에서 고려됩니다. 집행정지는 본안소송 전 현실적인 피해를 멈추기 위한 장치입니다.

V. 실사(현지조사) 과정 대응 실무

의료기관 업무정지·과징금 처분의 상당수는 국민건강보험공단·건강보험심사평가원의 현지조사(실사) 결과를 기초로 이루어집니다. 실사 단계에서의 대응은 이후 절차에 큰 영향을 미치는 국면입니다.

실사 단계에서 유의해야 할 점은 다음과 같습니다.

• 조사 범위와 조사 대상 기간의 명확화 요청

• 진료기록부, 처방전, 원무 자료 등 자료 제출 범위의 정리

• 확인서, 사실확인서 작성 시 표현의 정확성 확보

• 착오청구·기준 해석 차이가 있는 부분에 대한 서면 소명

• 조사 종료 후 예비처분(사전통지) 단계에서의 의견 제출

실사 과정에서 작성된 확인서는 이후 처분 사유의 핵심 근거로 활용되므로, 사실관계에 반하는 진술이 그대로 남지 않도록 신중한 검토가 필요합니다. 이 단계부터 행정법 실무에 익숙한 변호사의 조력을 받는 것이 안전한 이유입니다.

VI. 취소소송 승패 포인트

취소소송에서 자주 검토되는 승패 포인트는 다음과 같습니다.

1. 처분사유의 사실관계 인정 여부 — 부당청구 사실 자체가 인정되는지

2. 법령 적용의 적법성 — 「국민건강보험법」상 "속임수나 그 밖의 부당한 방법"에 실제 해당하는지

3. 절차적 적법성 — 사전통지, 의견제출 기회 부여, 처분서 기재 등 절차 준수 여부

4. 재량권 일탈·남용 — 업무정지 기간·과징금 액수의 비례성 여부

5. 평등원칙 준수 여부 — 유사 사안 대비 처분 균형성

6. 신뢰보호원칙 적용 여부 — 종전 심사평가원 판단과의 정합성

행정소송은 대응이 늦어질수록 선택할 수 있는 대응 폭이 좁아집니다. 처분 통지 이후의 초기 대응이 결과에 큰 영향을 미칩니다.

VII. 행정법 전문분야 등록의 의미

행정 사건은 단순한 분쟁이 아니라, 행정절차와 제소기간, 처분사유의 위법성, 재량권 일탈·남용 여부까지 촘촘하게 따져야 하는 분야입니다. 그래서 전체 등록 변호사 규모와 비교해도 행정법 전문분야 등록은 전체 변호사 중 소수에 해당합니다.

2026년 기준 공개자료를 종합하면 등록 변호사는 3만8천 명대에 이르지만, 대한변호사협회 「변호사 전문분야 등록에 관한 규정」에 따른 행정법 전문분야 등록은 그중 극히 일부에 그칩니다(대한변호사협회 등록 공고 및 공개자료 기준, 2026년 시점 추산).

법무법인 태림의 하정림 대표변호사는 대한변호사협회 전문분야 등록 기준에 따른 행정법 전문분야 등록 변호사로, 영업정지·허가취소·과징금·공무원 징계 등 침익적 행정처분 사건에서 행정심판·집행정지·행정소송 전략을 함께 설계합니다. 자세한 이력은 하정림 변호사 프로필 보기에서 확인할 수 있습니다.

VIII. 하정림 대표변호사 관련 성공사례

법무법인 태림은 어린이집 영업정지 집행정지, 수당 환수 집행정지, 참여제한처분 행정소송, 정보공개거부처분 취소소송 등 다양한 침익적 행정처분 사건에서 실전 경험을 축적해 왔습니다.

아래는 의료기관 업무정지·과징금 사건과 절차·쟁점 구조가 유사한 태림의 실제 사례입니다.

영업정지·허가취소·과징금처럼 시간과 절차가 중요한 사건이라면 초기에 방향을 잡는 것이 중요합니다. 상담신청 바로가기

FAQ

Q1. 착오청구도 부당청구로 보나요?

A. 착오청구는 부당이득 징수 대상은 될 수 있지만, 「국민건강보험법」 제98조·제99조상 "속임수나 그 밖의 부당한 방법"에 해당하는지는 별도로 판단됩니다.

급여기준 해석 차이, 청구코드 오류, 프로그램상 오작동 등 실질적인 착오라는 점을 자료로 입증하는 것이 실무의 핵심입니다.

Q2. 과징금은 얼마까지 나오나요?

A. 「국민건강보험법」 제99조 제1항에 따라 업무정지 처분에 갈음하여 부당하게 부담하게 한 금액(부당청구액)의 5배 이하 범위에서 과징금이 부과됩니다. 청구액 전체가 아니라 부당청구액을 기준으로 산정된다는 점이 중요합니다.

구체적 부과 배수는 「국민건강보험법 시행령」 별표 5의 기준에 따르며, 재량권 일탈·남용이 인정되면 감액될 수 있습니다.

Q3. 실사 단계에서 변호사 조력이 필요한가요?

A. 실사 단계에서 작성된 확인서와 제출 자료는 이후 처분 사유의 핵심 근거가 됩니다. 사실관계에 반하는 진술이 남지 않도록, 자료 제출 범위와 소명 방향을 초기부터 정리하는 것이 이후 절차에 큰 영향을 미칩니다.

사전통지가 오기 전 단계라도 상담을 받아보시는 것이 안전합니다.

Q4. 감액 사유는 무엇인가요?

A. 위반행위의 동기, 부당청구 금액의 규모와 비율, 위반 기간, 반복성, 자진 시정·반환 여부, 종전 처분 이력, 재량권 일탈·남용 여부 등이 감액·감경 사유로 검토됩니다.

특히 위반 정도에 비해 처분 강도가 과도할 경우 비례원칙 위반이 주된 감액 근거가 됩니다.

Q5. 집행정지가 인용되면 진료를 계속할 수 있나요?

A. 업무정지 처분에 대한 집행정지가 인용되면 본안소송이 확정될 때까지 처분의 효력이 정지되므로, 그 기간 동안 요양급여 청구를 포함한 진료행위를 계속할 수 있습니다.
다만 집행정지는 본안소송의 결과를 보장하지 않으므로, 본안소송의 승소 전략을 함께 설계하는 것이 필요합니다.

Q6. 이의신청·심판청구와 행정소송은 어떻게 다른가요?

A. 국민건강보험법 제87조는 공단·심사평가원의 처분에 대한 이의신청을, 제88조는 그 결정에 불복할 때 건강보험분쟁조정위원회에 대한 심판청구를 규정하고 있습니다.
이는 국민건강보험법상 별도 불복 절차이며, 이와 별개로 「행정심판법」에 따른 행정심판 및 「행정소송법」에 따른 행정소송을 이용할 수도 있습니다.

처분청(보건복지부장관인지 국민건강보험공단인지), 처분 유형, 증거 확보 상황, 조정 가능성 등을 종합해 최적의 절차를 선택해야 합니다.

상담 안내

의료기관 업무정지·과징금 처분은 「행정소송법」 제20조에 따라 처분 통지를 안 날부터 90일이라는 제소기간이 정해져 있습니다.

처분 통지서, 사전통지서, 실사 확인서, 청구내역 자료를 준비하여 상담받는 것을 권합니다. 행정심판·이의신청·행정소송·집행정지 중 어떤 절차를 어떤 순서로 조합할지부터 확인해야 합니다.

• 상담전화: 1522-7005

• 이메일: help@tll.co.kr

• 카카오 상담: 카카오 상담 열기

• 상담신청: 상담신청 바로가기

• 오시는 길: 오시는 길 안내

• 담당 변호사: 하정림 대표변호사 프로필 보기

법무법인 태림 서울 주사무소는 서울 강남구 테헤란로 401(삼성동, 남경센타) 14층에 위치하며, 지하철 2호선 선릉역 인근에서 접근이 편리합니다.

이 외에도 법무법인 태림은 부산, 대구, 수원, 고양, 천안, 인천·부천까지 전국 7개 지사에서 상담이 가능합니다.

광고 고지

광고책임변호사 : 하정림 / 법무법인 태림 서울 주사무소
사업자등록번호 : 223-86-01305

본 내용은 법무법인 태림의 업무를 소개하는 광고이며, 개별 사건의 결과는 사실관계 및 법적 판단에 따라 달라질 수 있습니다.