의료기관 행정처분 대응 절차 — 의료법 위반 업무정지·과징금·면허정지 불복

Editor’s Letter

진료실 문을 닫게 만드는 결정은 의외로 빠르게 옵니다. 보건소 현지조사, 건강보험공단 실사, 환자 민원 한 통이 의료법 위반 통보로 이어지고, 며칠 뒤에는 업무정지·과징금·면허정지 처분이 통지서로 날아옵니다.

문제는 처분 자체보다 시간입니다. 행정처분은 통지를 받은 날을 기준으로 제소기간이 흐르기 시작하고, 그 사이 환자 예약은 끊기고, 직원 급여와 임대료는 그대로 빠져나갑니다. 의료기관 운영자가 느끼는 압박은 단순한 법적 문제가 아니라 곧바로 생계의 문제입니다.

이 글은 의료법 위반에 따른 의료기관 행정처분에 어떻게 대응해야 하는지를, 행정심판·집행정지·취소소송의 순서로 정리한 실무 가이드입니다.

초기 대응이 결과를 좌우합니다.

The Brief (즉답 요약)

의료기관이 의료법 위반으로 업무정지, 과징금, 면허정지(자격정지), 개설허가 취소 처분을 받았다면 가장 먼저 두 가지를 동시에 검토해야 합니다.

첫째, 본안에서 다툴 행정심판 또는 취소소송의 승소 가능성,
둘째, 그 사이 환자 진료와 매출이 끊기는 것을 막을 집행정지 신청 가능성입니다.

처분이 있음을 안 날부터 90일이 지나면 취소소송 자체가 어려워질 수 있으므로,
통지서를 받은 즉시 행정 사건을 다루는 변호사 상담을 받아 절차를 설계하는 것이 안전합니다.

한눈에 정리

• 의료기관 행정처분의 대표 유형은 업무정지·과징금·개설허가 취소·면허정지(자격정지) 네 가지입니다.

• 근거 법령은 의료법 제64조(개설 허가 취소 등), 제66조(자격정지 등), 제67조(과징금 처분), 그리고 의료관계 행정처분 규칙(보건복지부령) 입니다.

• 취소소송은 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 제기해야 합니다(행정소송법 제20조 제1항).

• 본안 진행 중 영업 손실을 막기 위해 집행정지 신청(행정소송법 제23조 제2항)을 함께 검토합니다.

• 과징금은 업무정지에 갈음하는 처분으로, 산정기준의 적정성과 재량권 일탈·남용을 함께 다툴 수 있습니다.

• 최근 의료법 개정으로 형사 처벌과 면허 취소·정지가 연계되는 범위가 확대되어, 형사 절차 초기부터 행정처분을 함께 고려해야 합니다.

• 상담전화 1522-7005 / 이메일 help@tll.co.kr / 카카오 상담 가능.

목차

I. 의료기관 행정처분이 시작되는 전형적 경로
II. 업무정지·과징금·면허정지·허가취소의 구조
III. 처분 통지 직후 90일, 무엇부터 해야 하는가
IV. 집행정지가 의료기관에 특히 중요한 이유
V. 행정심판과 행정소송, 어느 쪽을 선택할까
VI. 하정림 변호사의 행정 사건 포지션
VII. 법무법인 태림 행정 사건 주요 성공사례
VIII. 상담 전 준비자료 체크리스트
IX. FAQ

I. 의료기관 행정처분이 시작되는 전형적 경로

의료기관 행정처분은 대개 다음 경로 중 하나에서 출발합니다.

• 현지조사·실사: 국민건강보험공단, 건강보험심사평가원, 보건소가 진료기록부·청구내역·처방내역을 점검하면서 위반 사실을 적출합니다.

• 환자·내부자 민원: 진료비, 비급여 안내, 의료광고, 무자격자 진료 보조 의혹 등이 진정으로 이어집니다.

• 수사기관 통보: 의료법 위반 혐의에 대한 수사 결과가 보건복지부 또는 시장·군수·구청장에게 통보되어 행정처분으로 연결됩니다.

• 합동점검: 사무장병원 의혹, 환자 유인·알선, 진료기록 허위 작성 의혹 등에 대한 합동단속이 처분으로 이어집니다.

특히 최근 의료법 개정 흐름은 의료기관 운영자에게 중요한 변수입니다.

의료인 면허에 대한 규제가 강화되면서, 일정 범위의 형사 처벌이 면허 취소·정지로 직접 연결되는 사유가 확대되었습니다. 따라서 형사 수사·재판 단계에서 한 진술이나 양형 자료가 행정처분 사건에서도 그대로 불리하게 사용될 수 있습니다.

의료기관 행정처분 대응은 형사 절차 초기부터 행정 절차를 염두에 두고 설계하는 것이 안전합니다.

II. 업무정지·과징금·면허정지·허가취소의 구조

의료기관에 내려질 수 있는 주요 행정처분은 크게 네 가지입니다.

1. 의료업 정지·개설 허가 취소·폐쇄 명령 (의료법 제64조)

의료법 제64조 제1항은 의료기관이 일정한 위반 사유에 해당하면 보건복지부장관 또는 시장·군수·구청장이 1년의 범위에서 기간을 정하여 그 의료업의 정지를 명하거나, 개설 허가를 취소하거나, 의료기관 폐쇄를 명령할 수 있도록 정하고 있습니다. 의원급 의료기관은 개설 “신고” 대상이므로 실제로는 개설신고 취소가 함께 적용되고, 병원급 의료기관은 개설 “허가” 취소가 적용된다는 점에서 처분 명칭이 의료기관 종별에 따라 달라질 수 있습니다.

같은 조 제2항은 처분의 후속 효과를 함께 정하고 있습니다. 개설 허가가 취소되거나 폐쇄 명령을 받은 자는 그 취소된 날이나 폐쇄 명령을 받은 날부터 6개월 이내에 의료기관을 개설·운영할 수 없고, 다만 제1항 제8호 사유(보건복지부장관 또는 시장·군수·구청장이 의료기관 개설자의 결격사유 등에 해당한다고 본 경우)로 취소·폐쇄된 경우에는 3년 이내에 의료기관을 개설·운영할 수 없도록 정하고 있습니다. 또한 업무정지처분을 받은 자는 그 정지기간 중에 의료기관을 개설·운영하지 못합니다. 즉, 단순히 “6개월만 지나면 다시 개설 가능”한 구조가 아니라, 처분 사유에 따라 후속 제한 기간이 달라지는 구조입니다.

2. 자격정지 (의료법 제66조)

의료법 제66조 제1항은 보건복지부장관이 의료인의 면허자격을 1년의 범위에서 정지할 수 있도록 정하고 있습니다. 진료 행위 자체가 금지되므로, 의료기관 운영자에게는 사실상 일시적 폐업과 같은 효과가 발생합니다.

최근 개정으로 형사 처벌과 면허 효력이 연계되는 사유가 늘어, 형사 절차의 결과가 자격정지·면허 취소로 이어지는 사례가 많아졌다는 점에 주의해야 합니다.

3. 과징금 처분 (의료법 제67조)

의료법 제67조 제1항은 의료기관이 의료법 제64조 제1항 각 호에 해당하는 경우, 의료업 정지처분에 갈음하여 10억 원 이하의 과징금을 부과할 수 있도록 정하고 있습니다. 다만 의료법상 과징금은 국민건강보험법상 부당이득 환수 등과 별개의 처분이므로, 같은 사실관계라도 처분 주체와 근거 법령(의료법 / 국민건강보험법 / 의료급여법)을 명확히 구분해 다투어야 합니다.

과징금은 업무정지의 “대체” 성격을 가지므로, 본안에서 처분사유 자체를 다투는 한편 과징금 산정기준의 적정성까지 함께 다투는 전략이 필요합니다.

4. 의료관계 행정처분 규칙(보건복지부령)

처분 기간·과징금 산정·가중·감경 기준은 의료관계 행정처분 규칙 별표에 따라 정해집니다. 같은 위반 행위라도 위반 횟수, 위반의 동기·정도, 경과 등에 따라 결과가 달라질 수 있으므로, 본안에서 다투지 못하더라도 양정의 비례원칙 위반을 별도로 다툴 여지가 있습니다.

쉽게 말하면, 의료기관 행정처분 사건은 “위반이 있었는가”라는 한 줄짜리 질문이 아니라, 사실관계, 처분사유의 위법성, 양정의 비례성, 절차상 하자, 재량권 일탈·남용을 함께 검토해야 하는 다층 구조입니다.

III. 처분 통지 직후 90일, 무엇부터 해야 하는가

행정소송법 제20조 제1항은 취소소송을 처분 등이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 정하고 있고, 같은 조 제2항은 처분 등이 있은 날부터 1년이 지나면 취소소송을 제기할 수 없도록 정하고 있습니다.

행정심판을 거친 경우에는 같은 조 제1항 단서에 따라 재결서의 정본을 송달받은 날부터 90일을 기산합니다. 이 기간이 지나면 본안 자체가 각하될 위험이 있습니다.

따라서 처분 통지서를 받은 직후에는 다음 순서로 움직이는 것이 안전합니다.

1. 처분서·통지서·처분사유서를 그대로 보관합니다. 사진·스캔본을 함께 남겨두는 것이 좋습니다.

2. 처분 일자, 처분 통지서를 받은 날(안 날), 처분의 효력 발생일을 정확히 기록합니다.

3. 현지조사·실사 단계에서 작성한 확인서·진술서·문답서 사본을 모두 모읍니다.

4. 진료기록부, 처방기록, 청구내역, CCTV, 직원 명단 등 위반 사유와 연결될 수 있는 자료를 원본 그대로 보존합니다.

5. 행정심판·집행정지·취소소송 각각의 가능성을 종합적으로 검토할 수 있는 변호사 상담을 받습니다.

이 단계에서 가장 많이 발생하는 실수는 “일단 영업정지 기간을 견뎌보자”는 결정입니다. 그러나 한 번 집행이 시작되면 그 사이 발생한 매출 손실·환자 이탈·임대료·인건비 부담은 사후에 회복하기 어렵습니다.

IV. 집행정지가 의료기관에 특히 중요한 이유

집행정지는 본안 판결이 나오기 전이라도 처분의 효력을 일시적으로 멈추기 위한 장치입니다.

행정소송법 제23조 제2항은, 처분 등이나 그 집행 또는 절차의 속행으로 인하여 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있다고 인정될 때, 본안이 계속되고 있는 법원이 당사자의 신청 또는 직권에 의하여 처분 등의 효력이나 집행 또는 절차의 속행의 전부 또는 일부의 정지를 결정할 수 있도록 정하고 있습니다.

의료기관 사건에서 집행정지가 특히 중요한 이유는 다음과 같습니다.

• 의료업은 환자의 신뢰 기반 업종이므로, 한 번 끊긴 환자 흐름은 처분 이후에 다시 돌아오지 않을 가능성이 큽니다.

• 임대료, 직원 급여, 의료기기 리스 비용은 영업 중단 여부와 관계없이 발생합니다.

• 의료법 위반 보도·소문이 더해지면 단순한 일시 정지가 아니라 사실상 폐업 효과로 이어집니다.

법무법인 태림은 행정처분에 대한 집행정지를 “본안과 별개의 독립 절차”가 아니라 본안과 한 묶음의 긴급 절차로 설계합니다.

“본안소송이 종결될 때까지 처분의 집행을 멈춰 달라”는 집행정지 신청은, 처분 통지 직후의 짧은 시간 안에 사실관계와 손해의 회복 곤란성을 어떻게 정리해 제출하느냐에 따라 결과가 달라집니다.

사건마다 인용 가능성이 다르므로 집행정지 신청을 함께 검토하는 것이 사실상 불가피합니다.

V. 행정심판과 행정소송, 어느 쪽을 선택할까

의료기관 행정처분에 대한 불복 수단은 크게 행정심판과 행정소송으로 나뉩니다.

쉽게 말하면, “위반은 일부 있지만 처분이 과하다”고 판단된다면 행정심판에서 감경을 노리는 전략이 효과적일 수 있고, “처분사유 자체가 부당하다”면 곧바로 취소소송으로 가는 편이 시간 낭비를 줄입니다.

실제 사건에서는 사실관계, 증거, 처분 강도, 영업 영향, 형사 절차의 병행 여부까지 종합해서 정해야 하므로, 처분서 한 장만 보고 결정하기는 어렵습니다.

VI. 하정림 변호사의 행정 사건 포지션

대한변호사협회 공표 자료 기준, 등록 변호사 수는 2026년 1월 기준 38,235명, 개업 변호사 32,168명(법조신문 보도), 2026년 4월 기준 38,234명(LawTimes 보도)으로 집계됩니다. 같은 해 제15회 변호사시험 신규 합격자까지 더하면, 시장 총량은 4만 변호사 시대 문턱에 들어선 상황입니다.

그러나 행정법 전문분야 등록은 그중에서도 매우 희소한 영역입니다. 대한변호사협회 등록 공고 및 공개자료 기준 추산(2026년 기준), 행정법 전문분야 등록 변호사 수는 약 230명 내외, 전체 등록 변호사 대비 약 0.6% 수준으로 평가됩니다.

행정법 전문분야 등록이 희소한 이유는 분명합니다.

• 행정기본법, 행정절차법, 행정심판법, 행정소송법, 정보공개법, 국가배상법, 그리고 의료법·약사법·식품위생법 같은 개별 인허가법까지 검토 범위가 넓습니다.

• 처분이 있음을 안 날부터 90일 같은 제소기간 시한을 한 번 놓치면 회복이 어렵습니다.

• 국가·지자체·공공기관을 상대로 처분사유의 위법성, 재량권 일탈·남용, 비례원칙·평등원칙 위반을 기록과 서면으로 입증해야 합니다.

법무법인 태림의 하정림 대표변호사는 대한변호사협회 행정법 전문분야 등록 변호사로, 정보공개거부처분취소, 인권위 권고결정 취소, 집행정지, 해임처분 관련 행정·노동 사건을 다수 다뤄왔습니다.

충남 서천군 고문변호사, 한국풍력산업협회 자문위원 등 공공·산업 영역의 자문 활동도 함께 수행하고 있습니다.
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의료기관 행정처분은 의료법 지식만으로는 풀리지 않습니다.
의료법, 의료관계 행정처분 규칙, 행정심판법, 행정소송법, 그리고 비례원칙·평등원칙 같은 일반 행정법 원리를 한꺼번에 적용해야 결과가 달라집니다.

VII. 법무법인 태림 행정 사건 주요 성공사례

행정처분 대응의 핵심 구조(집행정지·정보공개·처분취소·인권위 결정 취소·징계 방어)가 의료기관 사건에도 그대로 적용되는 사례들입니다.

위 사례는 법무법인 태림 공식 성공사례 페이지에 게시된 내용을 기반으로 정리한 것이며, 개별 사건의 결과는 사실관계와 법적 판단에 따라 달라질 수 있습니다.
법무법인 태림 행정·노동 성공사례 전체 자세히 보기

VIII. 상담 전 준비자료 체크리스트

상담을 효율적으로 진행하기 위해 아래 자료를 정리해 두시면 좋습니다.

• 처분서·통지서 원본 또는 스캔본

• 처분 통지서를 받은 날짜(택배·등기 송달 영수증 포함)

• 의료법 위반 혐의의 근거가 된 현지조사 결과서·실사 결과서

• 조사·수사 단계에서 작성·서명한 확인서, 진술서, 문답서

• 진료기록부, 처방내역, 청구내역 사본

• 의료기관 개설신고증·개설허가증 사본

• 의료인 면허증 사본

• 임대차계약서, 직원 명단·재직증명서, 급여대장

• 환자 민원·진정서 사본(받아본 적 있다면)

• 같은 사실관계로 진행 중인 형사사건 자료

이 자료들이 한 줄로 정리되면, 상담 시점에 행정심판·집행정지·취소소송 중 어느 절차가 가장 효과적인지, 그리고 양정 다툼 여지가 있는지 빠르게 판단할 수 있습니다.

IX. FAQ

Q1. 의료법 위반으로 업무정지 처분을 받았습니다. 행정심판과 행정소송 중 무엇부터 해야 하나요?

사실관계와 처분 강도에 따라 다릅니다. 처분사유 자체가 부당하다고 판단되면 곧바로 취소소송으로 가는 편이 시간 낭비를 줄일 수 있고, “위반은 일부 있지만 양정이 과하다”는 사건이라면 행정심판에서 감경을 노리는 전략도 효과적일 수 있습니다.

어느 쪽이든 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 결정해야 합니다.

Q2. 영업정지 기간이 짧다면 그냥 견디는 편이 낫지 않나요?

일반적으로는 권장되지 않습니다. 의료기관은 환자 신뢰가 핵심 자산이고, 짧은 영업정지라도 환자 이탈, 임대료·인건비 부담, 보도·소문에 따른 평판 손상은 사후에 회복하기 어렵습니다.

본안에서 다툴 여지가 있다면 집행정지 신청을 병행해 정지 효력을 일시적으로 멈추는 전략을 검토할 필요가 있습니다.

Q3. 업무정지 대신 과징금 처분이 내려졌습니다. 다툴 수 있나요?

가능합니다.
의료법 제67조에 따른 과징금은 의료업 정지처분에 갈음하여 10억 원 이하의 범위에서 부과되며, 의료관계 행정처분 규칙 별표에 따라 산정됩니다. 다만 같은 사실관계에서 국민건강보험법·의료급여법에 따른 과징금이나 부당이득 환수 처분이 함께 내려질 수 있으므로, 처분 주체와 근거 법령을 구분해 본안에서 다투어야 합니다.

처분사유 자체의 위법성뿐 아니라 과징금 산정기준의 적정성, 재량권 일탈·남용 여부까지 함께 다툴 수 있습니다.

Q4. 면허정지(자격정지) 처분과 의료기관 업무정지는 어떻게 다른가요?

면허정지(자격정지)는 의료법 제66조에 따라 의료인 개인의 면허 효력을 정지시키는 처분이고, 업무정지·개설 허가 취소는 의료법 제64조에 따라 의료기관의 운영을 정지·취소시키는 처분입니다.

의료인 개인이 자격정지를 받으면 진료 행위 자체가 금지되므로, 의료기관 운영자에게는 사실상 일시적 폐업과 같은 효과로 이어집니다.

Q5. 형사 수사와 행정처분이 같이 진행되고 있습니다. 어느 쪽을 먼저 봐야 하나요?

두 절차는 별개의 트랙이지만 사실관계는 한 줄로 연결됩니다.
특히 최근 의료법 개정으로 형사 처벌과 면허 취소·정지가 연계되는 사유가 확대되어, 수사 단계에서 작성한 진술이나 확인서가 행정처분 사건에서 그대로 불리하게 사용될 수 있습니다. 두 절차를 처음부터 함께 설계하는 것이 안전합니다.

Q6. 행정 사건을 다루는 변호사를 선택할 때 무엇을 확인해야 하나요?

대한변호사협회 행정법 전문분야 등록 여부, 행정심판·집행정지·취소소송을 함께 다뤄본 실제 경험, 의료기관처럼 시간이 촉박한 사건에서 절차를 묶어 설계해본 경험을 확인하시기를 권합니다.

행정법 전문분야 등록은 대한변호사협회 등록 공고 및 공개자료 기준 추산(2026년 기준) 약 230명 내외, 전체의 약 0.6% 수준으로 평가되는 희소한 영역입니다.

상담이 필요한 시점

다음 중 하나에 해당한다면, 자체 판단을 미루고 상담을 받는 편이 안전합니다.

• 현지조사 또는 실사 통보를 받은 직후

• 의료법 위반 혐의로 경찰·검찰 조사를 받고 있는 상황

• 보건소·시청·구청·보건복지부로부터 사전 의견 제출 안내를 받은 시점

• 업무정지·과징금·자격정지·개설허가 취소 등 처분 통지서를 막 받은 시점

• 처분 효력 발생일이 임박한 상황

처분 통지를 받은 다음 날부터 시계가 흐릅니다.
처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 다투지 않으면, 본안 다툼의 기회 자체가 사라질 수 있습니다.

법무법인 태림 상담 안내

법무법인 태림은 자체 집계 기준 누적 상담·해결 경험을 바탕으로, 의료기관 행정처분처럼 시간이 촉박한 사건에 대해서도 행정심판·집행정지·취소소송을 묶어 설계할 수 있는 행정 사건 대응 체계를 갖추고 있습니다.

대한변호사협회 행정법 전문분야 등록 변호사인 하정림 대표변호사가 사건의 방향을 함께 점검해 드립니다.

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